Kitaplar veya Kitaplarda Bölümler
M. Şahin, Anadolulu Bir Mimar Hermogenes. Ege Yayınları (İstanbul 2003).
M. Şahin,"Pisidia Antiocheia'sı Eros'u", Fahri Işık Armağanı T. Korkut (Ed.) (İstanbul 2004), 731-741.
M. Şahin,"Die Kohlebecken", Thesaurus Cultus et Rituum Antiquorum I.2 (2005).
M. Şahin,“Antik Çağda Banyo Kültürü – Bathing Culture in the Ancient World”, M. Haydaroğlu – N. Tekdemir (Ed.), Eski Hamam Eski Tas (İstanbul 2009), 26-43.
M. Şahin, Gölyazı / Apollonia Kültür Envanteri. Nilüfer Belediyesi (Bursa 2014).
M. Şahin, “Mimar Hermogenes”, R. Özgan (Ed.), Hellenistik Devir Heykeltraşlığı III (İstanbul 2018).
M. Şahin, "Misi (Gümüştepe)", E. Özendes (ed.), Misi'den Gümüştepe'ye (Bursa 2022), 9-27.
M. Şahin, "Myrleia / Apameia", R. Deniz (ed.), Rota Myrleia (Bursa 2024), 74-96.
Makaleler
M. Şahin,"Figürliche Grabstelen und Weihreliefs aus Miletupolis". Istanbuler Mitteilungen 47, 1997, 179-197 Taf. 20-27.
M. Şahin,"Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesinden Bir Grup Mangal Tutaçı", Adalya IV, 1999/2000, 61-79.
M. Şahin - B. Dinçer - T. Zimmermann, “Neue Fundplatze des alteren Palaolithikums bei Bursa in Nordwestanatolien (Türkei)“, Archaologisches Korrespondenzblatt 2/2009, 153 – 162.
M. Şahin – M. Taşlıalan, “Smyrna Agorası Heykeltraşlık Buluntuları”, OLBA 18, 2010, 175-236.
M. Şahin,"İznik Gölü Bazilika Kalıntısında Sualtı Araştırmaları Başlıyor", TINA Denizcilik Arkeoloji Dergisi 3, 2015, 69-70.
M. Şahin,"İznik Gölü Bazilika Kazıları - 2016", TINA Denizcilik Arkeoloji Dergisi 6, 2016, 64-79.
M. Şahin - M. Akın, "Nikaiadan Musa Heykeli: Polyhymnia", OLBA 25, 241-250.
M. Şahin, “Knidos Yuvarlak Tapınak Terası Pişmiş Toprak Adak Protomları”, Olba 29, 2021, 189-225.
Ulusal ve Uluslararası Bilimsel Toplantılarda Sunulan ve Bildiri Kitabında Basılan Bildiriler
R. Özgan - M. Şahin, "1998 Knidos Kazıları". 21. Kazı Sonuçları Toplantısı (Ankara 2000),115-132.
M. Şahin, "Terrakotten aus Knidos: Die Funde aus dem Rundtempelterrasse im westlichen Stadtgebiet" . Einführungstagung der Alexander von Humboldt Stiftung, Bonn 25-26 April 2002, 20.
M. Şahin - D. Şahin, “Amisos Mozaiği ve Zeugma ile İlişkiler", Uluslararası Geçmişten Geleceğe Zeugma Sempozyumu 20-22 Mayıs 2004 (Gaziantep 2006), 173-177.
M. Şahin, "Türkiye Mozaik Corpusu-2004", 23. Araştırma Sonuçları Toplantısı (Ankara 2006), 185-190.
M. Şahin, "2006 Yılı Myndos Kazısı", 29. Kazı Sonuçları Toplantısı- 1 (Ankara 2008), 21-38.
M. Şahin, "Myndos Kazıları, 2009", 32. Kazı Sonuçları Toplantısı- 1 (Ankara 2011)154-175.
M. Şahin, "Myndos Kazıları - 2010", 33. Kazı Sonuçları Toplantısı- 1 (Ankara 2012) 339-364.
M. Şahin, "Myndos Kazısı 2011", 34. Kazı Sonuçları Toplantısı- 3 (Çorum 2013) 25-44.
M. Şahin, “Myndos Kazıları - 2012”, 35. Kazı Sonuçları Toplantısı, (Ankara 2014), 400-417.
M. Şahin, "Myndos Kazısı – 2013", 36. Kazı Sonuçları Toplantısı - 3 (Ankara 2015), 19-44.
Ulusal Makaleler
M. Şahin,"Knidos" with S. Aydal and Ch. Bruns-Özgan (Ankara 1998).
M. Şahin, "Arkeolojide Yayın Kategorileri". IDOL 9, 2001, 51-52.
M. Şahin, "Türkiye'de Mozaik Envanteri Projesi", IDOL 20, 2004, 3-6.
M. Şahin, "Selçuk Üniversitesi'nde Sualtı Arkeolojisi Çalışmaları", IDOL 23, 2004, 18-23.
M. Şahin, "Bursa Arkeoloji Müzesi", Bursa Defteri 28, 2007, 41-50.
M. Şahin, “Uludağ’da 100 Bin Yıllık Tarih”, Aktüel Arkeoloji 4, 6. 2008.
M. Şahin, “Kırlangıç Kuyruğu Çatılı Görükle Mezarı”, Bursa’da Zaman 2, Nisan 2012, 51-53.
M. Şahin, “Ortaçağ’da Bursa Katliamı” Bursa’da Zaman 4, Eylül 2012, 86-89.
M. Şahin, “Roma Kehaneti Tazlaktepe’den”, Şehrengiz 33, Aralık 2012, 10 – 17.
M. Şahin, “Tazlak Tepe Zeus Kült Alanı”, Sultan’s City, Ağustos-Eylül 2013, 62-75.
M. Şahin, “Uludağ Delicenur Mağaraları”, Bursa’da Zaman 8, 2013, 94-97.
M. Şahin, “Uludağ’ın Resimli Kayaları”, Atlas 250, 2014, 38- 40.
M. Şahin, “İznik Gölü’nde Gizli Tarih”, Bursa’da Zaman 9, Ocak 2014, 2-5.
M. Şahin, “İznik Gölü’nün Altında Tarihi Keşif”, Şehrengiz 47, Şubat 2014, 16 – 20.
M. Şahin, “İznik: Göldeki Bazilika”, Atlas 252, Mart 2014, 76-84.
M. Şahin, “Mudanya Tümülüsü”, Şehrengiz 50-51 Mayıs-Haziran, 2014, 14-17.
M. Şahin, “Bursa ve Kültür Turizmi”, Bursa’da Zaman 15, Temmuz 2015, 76-77.
M. Şahin, "Iznik Gölü Bazilika Kazısı Sikke Örnekleri", Bursa'da Zaman 19, 48-49.
M. Şahin, "Londra Müzelerinde İznik Çinileri Yılı", Bursa'da Zaman 19, 80-81.
M. Şahin, "Gölyazı - Kız Adası ve Apollon Kutsal Alanı", Şehrengiz 83, 2017, 20-25.
M. Şahin, “İznik/Nikaia’nın Kayıp Artemis Tapınağı”, Bursa Günlüğü 8, Aralık 2019, 78-83.
M. Şahin, “Uluabat Gölü ve Çevresi”, Bursa Günlüğü 10, Eylül-Ekim-Kasım 2020, 32-39.
M. Şahin, "Göldeki Bazilika Aziz Neophytos'a mı ait?", ScienceUp, Mart, 2021, 64-67.
M. Şahin, “Balıklıpınar Ayazması / Büyükbalıklı”, Bursa Günlüğü 12, Mart-Nisan-Mayıs 2021, 80-83.
M. Şahin, "Bir Parça, Bir Parça Daha", National Geographic Traveler, Nisan 2021.
M. Şahin, “Aziz Tryphon'un Kilisesi mi Keşfedildi?”, Şehrengiz 130, Temmuz - Ağustos 2021, 18-20.
M. Şahin, "Şahinkaya Mağarası", Bursa Günlüğü 14, Eylül-Ekim-Kasım 2021, 58-61.
M. Şahin, "Karacakaya", Bursa Günlüğü 15, Ocak-Şubat-Mart 2022, 8-11.
M. Şahin, "Türk ve Yunan Folklorunda Baykuş", Şehrengiz 135, Mayıs-Haziran 2022, 8-11.
M. Şahin, “Antik Çağda Su ve Su Temini”, Bursa Defteri 45, Temmuz-Aralık 2022, 124-134.
M. Şahin, “Antik Çağda Bursa Depremleri”, Bursa Günlüğü 20, Nisan-Mayıs-Haziran 2023, 4-7.