ANABİLİM DALI HAKKINDA
Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 16 Temmuz 2010 tarihli ve 16789 sayılı yazısıyla kurulan Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, kuruluşundan bu yana kültür balıkları, akvaryum balıkları ve diğer sucul hayvanların sağlığı alanında eğitim-öğretim, araştırma ve sektörel iş birliği faaliyetlerini sürdüren uzmanlaşmış bir birimdir. Anabilim dalının temel amacı; balıkların anatomik ve fizyolojik özelliklerini, yetiştiricilik sistemlerindeki çevresel koşulları ve refah ilkelerini bilen; balık muayenesi, nekropsi, numune alma, hastalıkların tanı-tedavi-koruma prensipleri ile sucul hayvan yetiştiriciliğinde kullanılan ilaç ve biyolojik ürünlerin rasyonel kullanımına hâkim veteriner hekimler yetiştirmektir. Bu kapsamda sucul hayvanlarda görülen viral, bakteriyel, fungal ve paraziter hastalıklar, metabolik bozukluklar ve tümöral lezyonlar; etiyoloji, epizootiyoloji, tanı ve korunma stratejileri çerçevesinde hem teorik hem de uygulamalı olarak ele alınmaktadır. Anabilim dalı lisans düzeyinde “İktiyoloji”, “Su Ürünleri Hastalıkları” ve “Su Ürünleri Üretimi ve Biyoteknolojisi” gibi derslerle öğrencilerde temel kavram ve terminoloji altyapısını oluşturmakta; laboratuvar çalışmaları, saha uygulamaları ve iş birliği protokolleri bulunan balık işletmelerinde gerçekleştirilen eğitimlerle kazanımlar pekiştirilmektedir. Ayrıca 10. yarıyılda yürütülen Gıda İntörn Programı kapsamında zoonotik patojenlerin halk sağlığına etkileri, su ürünleri işleme tesislerinde hijyen ve gıda güvenliği uygulamaları ile veteriner denetim süreçleri üzerinde durulmaktadır.
Eğitim modeli çok disiplinli ve veri temelli bir yaklaşıma dayanmaktadır. Klinik ve saha patojenlerine yönelik tanı yöntemlerinin yanında farmakoloji, patoloji, hayvan besleme, mikrobiyoloji, immünoloji, epidemiyoloji, moleküler genetik ve biyoinformatik gibi alanlarda kullanılan yöntemler uygulamalı olarak öğretilmektedir. Öğrenciler; patojen izolasyonu ve saflaştırma, antimikrobiyal duyarlılık testleri, moleküler tanı ve serotipleme, MALDI-TOF MS ile hızlı teşhis, aşı geliştirme ve saha düzeyinde hastalık yönetimi gibi veteriner hekimliğin temel araçlarını su ürünleri bağlamında kullanma becerisi kazanır. Güncel enfeksiyonların popülasyon düzeyinde değerlendirilmesi, epidemiyolojik eşik değerlerinin (ECOFF) belirlenmesi, direnç mekanizmalarının takibi ve Tek Sağlık yaklaşımının sektöre entegrasyonu bu modelin sürdürülebilirlik odaklı bileşenleridir.
Bu eğitim anlayışı, lisans düzeyinde kazanılan altyapının ilerisine taşınarak Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yürütülen disiplinler arası Sucul Hayvan Hastalıkları Doktora Programı ile kurumsal ölçekte derinleştirilmektedir. Program; Su Ürünleri Hastalıkları, Patoloji, Farmakoloji ve Toksikoloji, Parazitoloji, Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları ile İç Hastalıkları Anabilim Dalları’nın ortak katkısıyla yürütülmekte olup, kültür balıkları ve diğer sucul omurgalı-omurgasız türlere odaklanan alan-spesifik bir lisansüstü eğitim sunmaktadır.
Anabilim Dalımız; TÜBİTAK (1001, 1002, 1005, 2209-A, 3501), TAGEM, AB (EU HORIZON) ve BAP destekli projelerle; saha epidemiyolojisi, yeni patojen türlerinin tanımlanması, antimikrobiyal direnç mekanizmaları, ECOFF değerlerinin belirlenmesi, genomik ve proteomik karakterizasyon ve yerli izolatlardan aşı geliştirme gibi alanlarda çalışmalar yürütmektedir. Marmara Denizi’ndeki müsilajın sucul hayvanların sağlığına etkileri, midyelerde patojen bakteriler ve direnç profilleri, akvaryum balıklarında yüksek mortaliteye neden olan bakteriyel hastalıklar ve yerli izolatlardan geliştirilen prototip aşılar bu araştırmalara örnek teşkil etmektedir.
Öğrenciler lisans ve lisansüstü düzeyde araştırma süreçlerinin aktif parçası hâline getirilmekte; saha çalışmaları, laboratuvar deneyimi BAP/TÜBİTAK ve AB projeleri aracılığıyla desteklenmektedir. Anabilim Dalımız; sucul hayvan sağlığının güçlendirilmesi, uluslararası bilimsel bütünleşme ve sürdürülebilir sucul hayvan üretimi için kritik bir merkez olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.
ÇALIŞMA ALANLARI
• Sucul hayvan hastalıkları (kültür balıkları, akvaryum balıkları ve diğer sucul omurgalı/omurgasızlar)
• Kültür ve akvaryum balıklarının bakteriyel, viral, paraziter ve fungal hastalıkları
• Akuatik mikrobiyoloji, yeni bakteri türlerinin (özellikle Pseudomonas, Flavobacterium, Aeromonas vb.) sistematik ve taksonomik olarak tanımlanması
• Balık aşıları, immünoprofilaksi ve aşı suşlarının seçimi (Vagococcus salmoninarum, Flavobacterium psychrophilum vb.)
• Moleküler tanı yöntemleri (PCR, Real-Time PCR, multiplex qPCR, MLST/MLSA ve diğer genom temelli tip belirleme yöntemleri)
• Genomik, pangenomik ve filogenomik analizler; sucul patojenlerin virülens ve adaptasyon mekanizmalarının aydınlatılması
• Transkriptomik yaklaşımlarla Aquatik Aeromonas suşlarının virülens mekanizmalarının araştırılması
• Antimikrobiyal direnç, epidemiyolojik cut-off (ECOFF) değerlerinin belirlenmesi, direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
• One Health yaklaşımı çerçevesinde su ürünlerinde gıda güvenliği ve halk sağlığı (midyelerde E. coli, Vibrio türleri, STEC serotipleri, mikroplastik ve küf kontaminasyonu vb.)
• Balık refahı, yetiştirme koşulları, metabolik bozukluklar ve yağlı karaciğer gibi beslenme ile ilişkili hastalıklar
• Deneysel enfeksiyon modelleri, patogenez ve patolojik lezyonların değerlendirilmesi
• Sucul toksikoloji ve akuakültürde kullanılan kimyasalların balık sağlığı ve çevre üzerine etkileri
LABORATUVAR ALTYAPISI
• Sucul hayvan otopsi ve örnekleme ünitesi: Balık ve diğer sucul hayvanların nekropsisi, doku örneklemesi, balık refahı ve patolojik lezyonların makroskopik değerlendirilmesi için donanımlı altyapı.
• Mikrobiyoloji laboratuvarı: Bakteriyel etkenlerin izolasyonu ve tanımlanması için laminar akış kabinleri, inkübasyon sistemleri, soğuk depolama üniteleri ve referans/klinik suş koleksiyonları.
• Bakteriyel inkübasyon ve antimikrobiyal duyarlılık ünitesi: MIC ölçümleri, disk difüzyon testleri ve Vitek II gibi otomatize sistemler kullanılarak antimikrobiyal duyarlılık ve epidemiyolojik eşik değerlerinin belirlenmesi.
• Sterilizasyon ve besiyeri hazırlık ünitesi: Otoklav, etüv ve diğer sterilizasyon ekipmanları ile farklı bakteri gruplarına uygun selektif/diferansiyel besiyerlerinin hazırlanması.
• Moleküler genetik ve tanı ünitesi: DNA ekstraksiyon sistemleri, konvansiyonel PCR cihazları, Real-Time PCR sistemleri, multiplex qPCR analizlerine uygun altyapı ve jel elektroforez üniteleri.
• Protein analiz laboratuvarı: SDS-PAGE ve Western Blot cihazları ile bakteri ve balık dokularına ait protein/profil analizlerinin yapılabilmesi.
• MALDI-TOF MS mikrobiyal tanı laboratuvarı: Akuakültür işletmelerinde görülen bakteriyel etkenlerin hızlı ve güvenilir şekilde tanımlanmasına yönelik MALDI-TOF MS (Bruker) sistemi ve gökkuşağı alabalığı işletmelerine özgü yerel veri kütüphanesi.
• Biyoinformatik ve genomik analiz birimi: Tüm genom, pangenom, filogenomik ve transkriptomik verilerin analizine yönelik yüksek performanslı bilgisayar altyapısı ve ilgili yazılımlar; ulusal ve uluslararası dizileme merkezleri ile iş birliği imkânları.
• DNA ve kültür bankası: BAP destekli projeler kapsamında referans ve tip suşlar ile saha ve klinik örneklerden izole edilen bakterilerin uzun süreli muhafazasına yönelik kültür koleksiyonu ve DNA arşivi.
• Saha araştırmaları için taşınabilir altyapı: Balık işletmeleri, doğal su kaynakları ve su ürünleri işleme tesislerinde örnekleme yapılabilmesine imkân sağlayan portatif numune alma setleri, temel su kalite parametrelerinin ölçümüne yönelik cihazlar ve soğuk zincir ekipmanları.
http://www.tarim.gov.tr/TAGEM
