PROJELER
ULUSLARARASI PROJELER 
1.    Disease transmission, genetic pollution and crop productivity in Turkey and in Bulgaria. (2004-2007). CLG 981340, NATO Project Koordinator: İ.Çakmak, Principal Investigators: P. Nentchev, L. Aydın, H. Wells. 
2.    Behavior and ecology of honey bees and leafcutting bees I. (2006-2009). Project No. NSF DBI:0552717. Barthel, J, Wells, H, Abramson, Çakmak, İ. 
3.    Ecology and behavior of Honey bees and Solitary bees II. (2009-2013), NSF, No. 0851651, Barthel, J, Wells, H, Abramson, Hranitz, J., Çakmak, İ. 
4.    Stabilization of Varroosis in host-parasite system. (2009-2012). Uludağ Üniversitesi-AGAM ve Institüte für Bienenkunde-Frankfurt Universitat AB Proje No. 2808UM003, S. Fuchs, İ. Çakmak
5.    Integrative Biological Studies of Honey Bees in the Republic of Turkey III. NSF Project No. 1263327 (2013-2016). Barthel, J, Wells, H, Abramson, Hranitz, J., Çakmak, İ.
ULUSAL PROJELER
1.    Bursa ve Yöresinde Arıcılığın Genel Sorunları, Arı Hastalıkları , Varroa ve Çözüm Yolları, 1999-2003. Uludağ Üniversitesi Araştırma Fonu Projesi, BAB Proje No:1999/31 Proje Yürütücüsü: İ.Çakmak , Yrd Arşt.: L. Aydın. 
2.    Sosyo-ekonomik durumu yetersiz Bursa yöresi köylerinde arıcılığın başlatılması ve yürütülmesi, 2002-2006.Yardımcı Araştırıcı, BAB Proje No. AFP 2002/25. Uludağ Üniversitesi Araştırma Fonu, Kırsal Kalkınma Projesi.  Destekleyen Kurumlar: Uludağ Arıcılık Derneği Proje Yürütücüsü: E. Dülgeroğlu, Yrd.Arşt.: L. Aydın, İ. Çakmak, M. Civan, A.A. Öztürk, S. Çota, S. Karataş. 
3.    Varroa Parazitine Dirençli Anadolu Bal Arısı Kolonilerinin Seçimi ve Dirençli Kolonilerin Üretilmesi. (2009-2012). TAGEM-09/AR-GE/10, Yürütücü: Çakmak, İ., Yrd. Arş. Aydın, L. 
4.    Güney Marmara Bölgesinde Kovanlarda ve Ballarda Amerikan ve Avrupa Yavru Çürüklüğü Etkenlerinin Kültürel ve Moleküler Metodlar ile Teşhisi UAP KMYO Proje No. 209/31. E. Yürütücüler: E. Borum-İ.Çakmak, Y. Araştırmacılar: C. Özakın, M. Güneş, Ü. Özkula, L. Aydın.
5.    Arı spermasının dondurulmasında DMSO’in bazı kriyoprotektanlarla ikame edilmesiyle fertilitenin arttırılması (2016-2018), (TÜBİTAK-TOVAG 2015O586). Proje Yürütücüsü: Zekariya Nur; Araştırıcılar:İbrahim Çakmak, M.Kemal Soylu, Burcu Üstüner
6.    Marmara Bölgesi Ballarının Botanik Karakterizasyonu (2016-2019). TAGEM/HSGYAD /16/A05/P01/109.  A. Bıçakçı, A. Tosunoğlu, İ.Çakmak, H. Tosunoğlu, Bütçe.
7.    Arıcılıkta üretimi artırmak amacı ile akıllı kovan, konvansiyonel, ekolojik-organik üretim yöntemlerinin ve yeni ürünlerin geliştirilmesi. BAP-AGAM 2016/2. (2016-2019). Proje Yürütücüsü: İ.Çakmak, Y. Araştırmacılar: O. Gürbüz, A. Tosunoğlu, M. Güldaş, B. Kul.
8.    Arı kovan takip ve gelişim kontrol sistemi, TÜBİTAK-TEYDEB Proje No. 7160535, Tüm Elektronik Mühendislik San. ve Tic. Ltd. Şti. Proje Danışmanlığı (2017-2018).
9.    Proje Adı: Arı spermasının dondurulması ve suni tohumlama başarısı üzerine antioksidanların etkileri. Proje No: BAP-OUAP(V)-2020/2, (2020-2022).S Alçay, A. Aktar A, Selvinar S. Çakmak, İ. Çakmak
10.    Bal arılarında varroa akarı ve hastalıklara direnç sağlayan genetik faktörlerin belirlenmesi. TÜBİTAK 1001 Proje No. 119Z251, (2020-2023), Yürütücü: C. Mayack, Araştırmacılar: S.J. Lucas, İ. Çakmak
11.    Arı spermasının çeşitli sulandırıcı ve dondurma hızlarıyla dondurulmasının çözdürme sonrası In-vivo ve In-vitro parametreler üzerine etkisi., Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP (2022-2025), BAP, Yürütücü: Alçay S., Araştırmacılar: Çakmak İ., Toker M.B., Seven Çakmak S.
12.    Bal arılarında arı sütü üretiminde seleksiyon farkının belirlenmesi. Proje No. BAP- FYL-2025-2180. Yürütücü İ.Çakmak, Arş.G. Kaya.