Fitopatoloji Anabilim Dalı'nın diğer bir uzmanlık laboratuvarı olup, bitkilerde hastalık yapan funguslar üzerinde çalışılmaktadır. Bitki patojeni fungusların teşhisi ve bunlara karşı alınabilecek önlemler üzerinde daha fazla durulmaktadır. Üreticilerden gelen hastalıklı bitki örneklerinin ilk incelendiği yer olup, bitki patojenlerinin makroskobik ve mikroskobik olarak teşhis edilmesi ve teşhis edilmiş materyallerin muhafazası burada yapılmaktadır. Ayrıca, laboratuvarda fungisitler ile ilgili çalışmalar da yürütülmektedir.
Bu laboratuvar Entomoloji Anabilim Dalı’nın bir uzmanlık laboratuarıdır. Bu laboratuar bitki zararlısı ve avcı akarlarla ilgili çalışmaların yürütüldüğü, ayrıca çeşitli akar ve böceklerin pestisitlere direncinin ölçüldüğü, içinde trioküler mikroskop, ilaçlama kulesi, mikroaplikatör, çoklu mikro plaka okuyucu, dikey elektroforez, jel görüntüleme sistemi, soğutmalı santrifüj, inkübatör, hassas terazi ve çeşitli analitik ölçüm cihazları bulundurmaktadır. Bu laboratuvarda FP-7 Marie Curie, TÜBİTAK ve UÜBAP programlarından destekli 3 araştırma projesi yürütülmekte olup, 4 adet yüksek lisans öğrencisi bu çalışmaları yürütmektedir.
Bu laboratuvarda bitkilerde zarar yapan her türlü zararlı ön incelemeye tabi tutulmakta, başlangıç teşhis ve gruplandırmasından sonra uzmanlık laboratuvarlarında ayrıntılı çalışmalara yönlendirilmektedirler. Bitki çeşit ve türüne bakılmaksızın üreticilerden gelen zararlı örneklerinin ilk değerlendirildiği yer de burasıdır. Ancak, bölgemizde en çok tarımı yapılan kültür bitkilerinin zararlıları daha sıklıkla görülebilmekte ve üzerlerinde çalışılmaktadır. İlk teşhis, teşhise hazırlama, kültüre alma ve geçici sürelerle örneklerin burada muhafazası en çok yapılan işlemlerdir. Bu laboratuvar, aynı zamanda zararlı tespiti için üretici bahçelerine gidiş ve dönüş yeridir. Bu laboratuarda ayrıca faydalı ve zararlı böceklerin çeşitli kokulara tepkisinin ölçüldüğü olfaktometre cihazı bulunmaktadır. İklim odalarında yetiştirilen kültürler bu laboratuvarda denemeye alınarak, kokulara olan tepkileri ölçülür. Buradan elde edilen sonuçlara göre tarımda kullanılma potansiyeli olan kimyasallar bir önceki bölümde belirttiğimiz gibi arazilerde denenerek etkinliği tespit edilir.
Nematoloji Laboratuvarı'nda, tarımsal ürünlerde zararlı böceklerle savaşımda kullanılan entomopatojen nematodların (EPN) topraktan izolasyonu, bunların laboratuvar koşullarında in vivo ve in vitro olarak üretilmesi, EPN'lerin üreme denemeleri, sıcaklık ve su kaybına toleranslılık denemeleri, simbiyont bakterilerinin izolasyonu gibi çalışmalar yapılmaktadır. Bunun dışında, bitki paraziti nematod zararı şikâyeti ile laboratuvara gelen örneklerde, gerekli analizler de yapılmaktadır.
Bu laboratuvar Fitopatoloji Anabilim Dalı'nın bir uzmanlık laboratuvarı olup, kültür bitkilerindeki her türlü fungal ve bakteriyel kaynaklı hasat sonu hastalıkları ile ilgili çalışmaların yapıldığı yerdir. Daha çok meyvelerdeki çürüme nedenleri, bunlara karşı alınabilecek kimyasal önlemler ve kimyasallara alternatif yöntemler üzerinde durulmaktadır. Bu laboratuvarda stajyer öğrenciler çok sayıda meyvelerde çürüklük nedeni fungus ve bakteri'yi tanıyabilir ve alınabilecek önlemleri öğrenebilirler.
Bitki Koruma Bölümü lisans öğrencilerinin derslerinin uygulamalarının yapıldığı yer olan öğrenci laboratuvarında stereo ve ışık mikroskopları, böcek örnekleri, hastalıklı bitki parçaları ve genel laboratuvar araç-gereçleri bulunmaktadır.
Hasat sonu çalışmalarında sebze ve meyvelerin soğukta depolanmasında soğuk hava depoları kullanılmaktadır.
Ağırlıkça Entomoloji dalında yapılan çalışmalar için kullanılan iklim odalarında nem, sıcaklık ve ışık yoğunluğu gibi faktörler ayarlanabilmekte ve bu sayede yapılan çalışmaya uygun kontrollü bir ortam yaratılabilinmektedir. Bölümümüzde 4 adet iklim odası bulunmakta ve aktif olarak kullanılmaktadır.
Çoğunlukla Bursa ili ve çevresinden toplanarak oluşturulmuş böcek müzesinde birçok farklı takım ve familyaya ait böcek türleri bulunmaktadır. Öğrenciler dilediklerinde böcek müzesini inceleme fırsatı bulabilmektedir.